Перечень товаров, оборот которых будут контролировать, установит Правительство. Партии продукции присвоят регистрационный номер, который придётся указать в счетах-фактурах или иных документах. Контроль за операциями с таким импортом поручат налоговым органам в рамках камеральных проверок.

Создание системы прослеживаемости товаров предусмотрено соглашением стран — участниц Евразийского экономического союза от 29 мая 2019 года, в рамках которого такой механизм должен быть создан на территории всего ЕАЭС.

Как пояснил при рассмотрении законопроекта в первом чтении глава Комитета Госдумы по бюджету и налогам Андрей Макаров, внедрение новой системы — вопрос не только доходов страны, но и защиты прав потребителей. В частности, парламентарий напомнил  о результатах эксперимента с маркировкой шуб: несколько лет назад в России официально их продавали на 6 миллиардов рублей в год, а после введения средств идентификации выяснилось, что оборот составляет 70 миллиардов.

Согласно законопроекту, налогоплательщики, осуществляющие операции с товарами, подлежащими прослеживаемости, будут обязаны представлять в налоговый орган отчёты об операциях с такой продукцией и документы, содержащие реквизиты прослеживаемости, в случаях и порядке, которые установит Правительство.

ФНС России будет обеспечивать: создание, внедрение и сопровождение национальной системы прослеживаемости товаров; сбор, учёт, хранение и обработку сведений, в неё включаемых; обмен информацией между национальной системой прослеживаемости товаров и иными государственными информационными  системами. Также налоговая служба будет вести контроль за операциями с товарами, включёнными в перечень товаров, подлежащих прослеживаемости.